Οι Συμφωνίες της Ζυρίχης, οι οποίες επικυρώθηκαν, κατόπιν αφόρητων πιέσεων της ελληνικής κυβέρνησης, από εκπροσώπους της κυπριακής κοινωνίας στη διάσκεψη του Λονδίνου τον Φεβρουάριο του 1959, είχαν πολλά τρωτά σημεία, πολλές αδιευκρίνιστες πρόνοιες, πολλές αντιφάσεις, οι οποίες προκαλούσαν ανησυχίες για το μέλλον. Ορισμένα από τα τρωτά των Συμφωνιών είναι τα ακόλουθα:
α) Η αποικιοκρατική Βρετανία διατηρούσε «κυρίαρχες» στρατιωτικές βάσεις σε δύο περιοχές στο νησί (στη Δεκέλεια και το Ακρωτήρι) καθώς και δικαιώματα χρήσης σε άλλες περιοχές, για τη διακίνηση στρατευμάτων, για στρατιωτικές ασκήσεις κ.λπ. Το νησί θεωρούνταν ως στρατηγικό σημείο για το ΝΑΤΟ. Γι’ αυτό, εξάλλου, οι πρωθυπουργοί των δύο χωρών μελών της βορειοατλαντικής συμμαχίας, της Ελλάδας και της Τουρκίας, Κωνσταντίνος Καραμανλής και Αντνάν Μεντερές, είχαν υπογράψει στη Ζυρίχη μυστική «Συμφωνία κυρίων» («Gentlemen’s agreement») ότι θα υποστήριζαν την ένταξη της Κύπρου στο ΝΑΤΟ και την εγκατάσταση στρατιωτικών βάσεων στο νησί. Στην ίδια συμφωνία υπήρχε πρόνοια να παραμείνει εκτός νόμου το Κομμουνιστικό Κόμμα της Κύπρου, το ΑΚΕΛ.
β) Με τις Συνθήκες Εγγυήσεως και Συμμαχίας, που ήταν αναπόσπαστο μέρος των Συμφωνιών Ζυρίχης – Λονδίνου, οι τρεις εγγυήτριες δυνάμεις, η Βρετανία, η Ελλάδα και η Τουρκία, αναλάμβαναν την υποχρέωση να προστατεύουν τη συνταγματική τάξη στην Κύπρο. Σε αυτό το πλαίσιο εγκαταστάθηκαν στο νησί στρατιωτικά αποσπάσματα δύο χωρών του ΝΑΤΟ, της Ελλάδας και της Τουρκίας (η ΕΛΔΥΚ και η ΤΟΥΡΔΥΚ). Οι τρεις εγγυήτριες δυνάμεις αποκτούσαν το δικαίωμα για μονομερή επέμβαση στην Κύπρο εφόσον διαταρασσόταν η συνταγματική τάξη, όπως είχε καθοριστεί από τις Συμφωνίες. Αυτή η πρόνοια προκαλούσε φόβους ότι θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως πρόσχημα για έξωθεν στρατιωτικές επεμβάσεις.
γ) Οι Συμφωνίες περιείχαν αντιφατικά και διαιρετικά στοιχεία, που καθιστούσαν το πολιτειακό σύστημα δυσλειτουργικό, με άμεσους κινδύνους για συχνές πολιτειακές κρίσεις και αξεπέραστα αδιέξοδα. Τέτοια στοιχεία ήταν το δικαίωμα του βέτο για τον Ελληνοκύπριο πρόεδρο της Δημοκρατίας και τον Τουρκοκύπριο αντιπρόεδρο της Δημοκρατίας, οι χωριστές Κοινοτικές Συνελεύσεις, το χωριστό εκπαιδευτικό σύστημα, οι χωριστοί τοπικοί φορείς κ.λπ.