Όταν ανήλθε στην εξουσία στην Ελλάδα με στρατιωτικό πραξικόπημα στις 21 Απριλίου 1967 η χούντα, υπό τον συνταγματάρχη Γεώργιο Παπαδόπουλο, πήρε μεγαλύτερες διαστάσεις η πολεμική εναντίον του Αρχιεπισκόπου Μακαρίου.

Μια από τις πρώτες κινήσεις της χούντας ήταν η διευθέτηση του κυπριακού ζητήματος, μεταξύ «φίλων χωρών» και συμμάχων στο ΝΑΤΟ. Συγκλήθηκε τον Σεπτέμβριο του 1967 η διάσκεψη Ελλάδας – Τουρκίας στον Έβρο, η οποία όμως κατέληξε σε φιάσκο για τη χούντα, λόγω των άστοχων χειρισμών. Η χούντα ανέμενε ότι η Τουρκία θα αποδεχόταν την ένωση της Κύπρου με την Ελλάδα, έναντι κάποιων ανταλλαγμάτων. Ωστόσο, η τουρκική κυβέρνηση απέρριψε την πρόταση. Παρά ταύτα, η χούντα ενίσχυε εκείνους που ισχυρίζονταν ότι υπαίτιος για τη μη πραγμάτωση της ένωσης ήταν ο Μακάριος.

Νέος αιματηρός κύκλος έντασης άρχισε στην Κύπρο με αφορμή την κρίση της Κοφίνου τον Νοέμβριο του 1967. Η Τουρκία προέβαλε και πάλι την απειλή για εισβολή και τελικά, μετά από απαίτηση της Άγκυρας, η χούντα απέσυρε από το νησί την ελληνική μεραρχία. Επίσης ο Γεώργιος Γρίβας, ο οποίος ήταν επικεφαλής της Εθνικής Φρουράς, αποχώρησε από την Κύπρο, κατ’ απαίτηση της Άγκυρας. Ο Αρχιεπίσκοπος Μακάριος όμως αρνήθηκε να συγκατανεύσει στην αξίωση της Άγκυρας για διάλυση της Εθνικής Φρουράς. Παρά ταύτα, η ενωτική παράταξη, συνεπικουρούμενη και από τη χούντα, εξακολουθούσε να κατηγορεί τον Αρχιεπίσκοπο Μακάριο για «προδοσία» του οράματος της ένωσης